En Isla Mujeres el ecoturismo forma una parte activa de la industria turística contando con areas protegidas por su diversidad ecològica como las cercanas Isla Contoy o Isla Holbox "Isla de los Pajaros" que tendra la posibilidad de conocer y en donde se enseña una actitud respetuosa hacia el medio ambiente, ya que se trata de reservas natural convertidas en el albergue de diferentes aves marinas del Caribe Mexicano, como grullas, fragatas, pelícanos y patos rabihorcados, entre otras especies; y una variada flora y fauna.

Tortugranja es otro de los lugares donde puede realizar ecoturismo cerca de Playa Paraíso. Aquí podrá conocer varias especies de tortugas que habitan en la región, como la Tortuga Gigante de mar

Parque El Garrafon , ubicado en la punta sur de la isla, a 6 Km. del centro Aquí podrá observar diversas poblaciones de tortugas y aves marinas, así como también realizar safaris fotográficos, nadar en alberca con vista al mar, practicar actividades acuaticas, descansar tomando el sol y disfrutar de las delicias gastronomicas de sus restaurants

Puede visitar tambien Hacienda Mundaca, antigua construccion de Piratas y el Templo de Ixchel pequeño templo dedicado a Ixchel, diosa maya de la fertilidad.

En la parte continental de municipio de Isla, se encuentran el nuevo desarrollo turístico de Costa Mujeres; El Meco, sitio arqueológico Maya; y Boca Iglesias, lugar donde comenzó la historia de este destino vacacional.